Policejní reorganizace, ohlášená 8. června 2016 policejním prezidentem Tomášem Tuhým, představovala jednu z největších neshod vlády Bohuslava Sobotky. Ministr financí Andrej Babiš ji nazval porušením koaliční dohody a prohlásil, že by měl odstoupit jak Tuhý, tak ministr vnitra Milan Chovanec. Tři hlavní státní zástupci (Pavel Zeman, Lenka Bradáčová a Ivo Ištvan) varovali před unáhleným sloučením útvarů kriminální policie ÚOOZ a ÚOKFK. Ištvan si předvolal Tuhého a jeho náměstka Zdeňka Laubeho, aby zjistil, jestli to měl být způsob odstavení ředitele ÚOOZ Roberta Šlachty. Ve své nové knize na straně 291 Šlachta říká, že právník Radek Pokorný zpanikařil, protože se ÚOOZ dozvěděl o jeho záměru použít fiktivní materiály k vydírání právníka Karla Muzikáře v souvislosti s arbitráží mezi Škodou Transportation a Českými drahami, a tlačil na Sobotku, aby se zbavil Šlachty. Sobotka rozkázal Chovancovi, aby to zařídil, tvrdí Šlachta, a Chovanec zaúkoloval Tuhého a Laubeho. Unáhlená reforma byla na světě. Jméno Pokorného se v následné zprávě parlamentní vyšetřovací komise neobjevilo.